Le village a été fondé vers les années 1300. L'étymologie de son nom reste incertaine, tantôt Wolof – fi dagan na dëk signifiant un endroit propice –, tantôt peul – du nom du fondateur, Dagana. Certains disent aussi que la ville a été créée par un nommé Dah venant du Ghana
Pendant l'ère coloniale, Dagana était un gros centre commercial, lié notamment au négoce de la gomme arabique